Nei Molluschi la conchiglia ha forma varia a seconda delle Classi. E' composta da costituenti inorganici come il carbonato di calcio o il fosfato di calcio che gli animali estraggono dall'acqua di mare e che vengono integrati da sostanze organiche (solitamente un insieme di proteine complesse secrete dal mantello). Nelle specie del benthos, che vivono nelle sabbie o nei fanghi del fondo, oppure fissate a dei supporti, e che quindi non hanno mobilità  o ne hanno pochissima, la conchiglia contiene l'animale come una sorta di scatola durissima; nelle specie che hanno riacquistato una certa mobilità  o che sono invece passate alla vita pelagica, la conchiglia è una struttura della quale, evolutivamente parlando, gli animali tendono a liberarsi e spesso in questi animali essa si presenta ridotta o scomparsa.

La conchiglia compare già  nella larva (veliger) e si accresce per la regolare e periodica aggiunta di nuovi tratti in corrispondenza del suo margine libero dove si osservano numerose strie di accrescimento. La struttura della conchiglia varia notevolmente dai Poliplacofori a quella delle altre classi e, insieme ad altri caratteri, consente di definire nei Molluschi due linee evolutive a cui si fanno corrispondere due subphylum:

Anfineuri (Poliplacofori e Solenogastri)

nei quali la conchiglia è costituita da 2 strati, quello superiore fatto di conchiolina calcificata e quello interno di solo carbonato di calcio.

Conchiferi (tutte le altre classi)

Nei Conchiferi, la conchiglia è costituita da 3 strati fondamentali:

• periostraco, strato esterno, di aspetto corneo costituito da conchiolina (un complesso di proteine che è diverso dal collagene e dalla cheratina) secreta da ghiandole situate ai margini del mantello e che viene deposta al margine via via che la conchiglia si accresce

I due strati sottostanti formano l'ostraco

• strato prismatico, intermedio e spesso formato da più strati secondari, anch'esso ecreto dal margine del mantello: è costituito da prismi di carbonato di calcio circondati da una membranucola di conchiolina;
• strato interno o madreperlaceo, che viene secreto da tutta la superficie del mantello ed è formato da lamelle parallele di carbonato di calcio.

Questo schema, però², può presentare numerose varianti ed il materiale calcareo può essere, a seconda della specie, argonite o calcite o entrambi. Alcuni molluschi possono presentare anche chitina.